O Centro de Ciências Rurais foi criado em 31 de agosto de 1970 e esta criação se deu a partir das Faculdades de Agronomia e Medicina Veterinária. Após nove anos foram implantados os Cursos de Engenharia Florestal e Zootecnia. As faculdades de Agronomia e Medicina Veterinária da UFSM foram criadas em 30 de junho de 1961. Nove anos depois, em 31 de agosto de 1970 foram criados os cursos de Engenharia Florestal e Zootecnia. No dia 05 de junho de 1971, o parecer 465-71- CSE aprovou novo Estatuto e reestruturou a Universidade Federal de Santa Maria, criando os Centros de Ensino. Desta forma surgiu o Centro de Ciências Rurais, que contava inicialmente com estes quatro cursos.
Em 2008, foi criado o curso de Graduação Tecnológica em Agricultura Familiar e Sustentabilidade na modalidade à Distância pela Universidade Aberta do Brasil. Já em 2009, as expansões provocadas pelo Programa de Apoio ao Plano de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (REUNI) criaram o Curso Superior de Tecnologia em Alimentos que se integrou ao Centro.
A sua missão é ser reconhecido pela sociedade como um Centro de excelência em ensino, pesquisa e extensão, nacional e internacionalmente.O CCR busca incentivar a produção de novos saberes, formando profissionais com conhecimentos técnicos e científicos comprometidos com os problemas socioambientais.
Hoje, o CCR conta com 175 servidores Técnico-administrativos em Educação, 186 Docentes e mais de três mil e trezentos alunos distribuídos nos cursos de graduação e pós-graduação.